進行公司注銷時，增值稅的處理是稅務清算中一個重要環節。如果公司在注銷時仍持有未銷售的商品或應稅服務，可能需要處理相應的增值稅問題。企業需要進行增值稅的結算，清算期間應繳納的增值稅可能根據公司的存貨、應收賬款等情況而有所不同。

另外，稅務機關還可能要求企業提供與存貨、應收賬款相關的詳細清單，并進行稅務核查。因此，企業主在公司注銷前應確保所有與增值稅相關的事項已經結清，并做好相關準備。