增值稅專用發票可在抵扣時進行抵扣，增值稅普通發票不能抵扣；增值稅專用發票開票時，需要購貨方提供的詳細資料，不需要普通發票，增值稅專用發票在使用時為無限制時間，增值稅普通發票的有效期為2個月。

以下是具體細節差異：

一、用途不同。

特種發票一般用于一般納稅人之間從事生產經營增值稅的應稅項目；而普通發票可用于所有納稅人的一切經營活動，當然也可用于一般納稅人的生產經營增值稅。

第二，作用不同。

一般發票只是一種商業憑證，而專用發票既是一種商業憑證，又是一種扣稅憑證。

票面反映內容不一樣。

特殊發票不僅應包括一般發票所記載的內容，還應記錄購銷雙方的稅務登記號、地址、電話、銀行帳戶、稅款等。

四，結合不一樣。

特殊發票不能只是一般發票的聯次，更要有扣稅聯。

反映的價格不一樣。

一般發票所反映的價格是含稅價，而稅金和價格并沒有分離；專用發票反映的是不含稅價，由稅金和價格分開計算。對于增值稅、非增值稅小規模納稅人，增值稅專用發票不能辦理。因此，開出普通發票與專用發票計算增值稅是相同的，但開專用發票，買方有條件可以抵扣(例如，購貨方是一般納稅人)開普通發票、農業發票、運輸發票小規模購買稅控機外，可在規定期限內抵扣)，進項稅額可以抵扣，開普通發票、農產品發票、小規模購買稅控機買方都無法抵銷。